L’abitato si distende su una piana alluvionale di origini vulcaniche fortemente modellata dagli interventi di bonifica della pianura pontina.

In questa area si doveva trovare la antica città Vosca di Ulubrae. Cisterna si trova sulla città romana di Tres Tabernae (tre taverne riportate anche nello stemma di Cisterna), luogo di sosta lungo la via Appia costruita nel 312 AC. Qui si fermò anche San Paolo accolto dai cristiani, come riportano gli Atti degli Apostoli.

Tres Tabernae venne distrutta dai saraceni nel 868 e gli abitanti di si trasferirono i sopra un piccolo colle Terra di Cisterna, da un’antica cisterna fatta costruire da Nerone per rifornire d’acqua la sua villa di Anzio.

Cisterna diventò un feudo dei Conti di Tuscolo prima e dei Frangipane che edificarono una rocca.

Fu distrutta nel 1165 assieme a Ninfa da Federico Barbarossa che si opponeva a papa Alessandro III e nel 1328 da Ludovico IV il Bavaro.

Nel 1504 passo sotto la famiglia Caetani che ricostruì Cisterna, trasformò le rovine del castello in un palazzo e costruì chiese. La trasformò nella capitale di un principato e molti papi sono venuti a Cisterna.

Papa Pio VI avviò la bonifica dell’area ma le truppe napoleoniche distrussero sistematicamente ogni opera e tornò la palude.

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