San Giovanni Incarico è posto sotto la collina della Guardia e si affaccia sulla valle del Liri. Il nome del paese ha origine dalla chiesa dedicata al santo mentre il secondo termine proviene dal nome di una valle della zona.

Nel territorio sono stati trovati resti del periodo paleolitico e nella parte a valle si trovano ruderi di una villa romana e dell’antica colonia di Fabrateria Nova, fondata dopo la distruzione della vicina Fregellae.

Nel medioevo, per sfuggire ai saraceni, la popolazione si rifugia nelle alture in un castello sotto la protezione di un signore.

Il castello di San Giovanni è stato fondato da Atenolfo II, gastaldo di Aquino, intorno al 949 e la sua prima menzione appare in un documento del 977 negli archivi dell’Abbazia di Montecassino.

I signori sono sempre stati alleati dei monaci di Montecassino, intervenendo più volte a difesa del monastero. In seguito la famiglia normanna dei dell’Aquila è stata feudataria di San Giovanni Incarico, seguita dai conti di Poli, cavalieri francesi venuti con gli angioini, e dagli Spinelli.

Nel 1229 il castello si dovette arrendere alle truppe papali e negli anni seguenti numerosi sangiovannesi andarono a popolare Flagella, la città federiciana eretta in funzione antipapale.

Nel 1451 il paese fu concesso ai della Rovere, in seguito passò ai Farnese a cui si deve lo statuto, e poi concesso al re di Polonia Ladislao VII. Infine entrò a far parte dello stato napoletano in epoca borbonica. Qui si sono svolte molte attività rivoluzionarie da parte dei briganti nel periodo successivo all’Unità d’Italia e ha subito una forte emigrazione.

Durante la seconda guerra mondiale il paese fu sconvolto dai combattimenti.

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