Con il vicino comune di Roiate, Affile condivide una vera particolarità geologica le grotte del Pertuso che sono state scavate dal torrente Carpine.
Le grotte hanno una lunghezza di circa 200 metri e nei periodi estivi il percorso è in parte a secco, mentre nei periodi invernali il flusso può essere molto violento, e necessita di un canotto per andare alla scoperta del laghetto.
Le grotte sono state scoperte la prima volta nel 1849 da F. Gori e al suo interno si possono vedere i resti di due piccole dighe che probabilmente erano state costruite per alimentare un mulino.
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