Ma la sua fondazione del paese risale al periodo repubblicano dell'antica Roma, I o II secolo AC, quando si hanno notizie di una ricca patrizia romana, Rutilia Polla, che possedeva una villa sulle sponde, proprio sotto la Collegiata. Come tutte le ville romane, anche questa aveva una parte produttiva e qui si allevava il pesce di lago per rifornire il mercato di Roma.
La villa forma di angolo retto sulle rive del lago e si chiamava "Angularia" e forse da questo deriverebbe il nome Anguillara. Il suffisso Sabazia, invece, viene dal nome della zona ed è stato aggiunto per distinguerla da un omonimo paese del padovano.
Al periodo romano risalgono i lavori di captazione delle acque del lago, la realizzazione del complesso dell’Acqua Claudia e la realizzazione della via Clodia.
Il paese è stato ricostruito completamente nel cinquecento e molte case conservano la struttura medievale con grandi ambienti sovrapposti collegati da una scala centrale.
Il borgo medioevale nasce su quello romano e nel complesso di Santo Stefano si vede chiaramente la successione fra la villa romana, la chiesa medioevale e il nuovo borgo.
La storia del legame fra il borgo e la famiglia degli Anguillara è invece ancora un mistero. Questa nobile famiglia inizia la sua stirpe intorno al 950 con Raimone, un valoroso guerriero che riuscì a sconfiggere un drago che terrorizzava gli abitanti di Malagrotta proprio vicino le rive del lago. Per ingraziarlo, il papa gli concesse il territorio. Questa leggenda è ancora ricordata nello stemma della famiglia che ha due serpenti incrociati.
Il primo riferimento alla nuova comunità è un documento conservato presso l'archivio di S. Maria in Trastevere datato 2 luglio 1020, in cui si cita Guido di Anguillara come il figlio di Bellinzone signore del ‘castrum Angularia’.
Questo era il modo in cui nel medioevo venivano indicate le fortezze dove la popolazione aveva trovato rifugio durante il periodo delle scorribande dei barbari. In questo documento si autorizza la pesca a fini commerciali e sono riportati anche i nomi di alcuni abitanti affittuari della pesca nel lago.
Intorno al 1140 la famiglia Anguillara aveva allargato i suoi possedimenti fino al Santa Severa e Tolfa ed aveva ospitato Enrico VI, figlio di Federico Barbarossa e altri principi che si stavano recando alla sua incoronazione a Roma.
Questo schieramento con l’imperatore in un periodo di forte tensione fra papato e impero porta al declino della famiglia Anguillara e nel 1234 il paese viene conquistato da Pietro dei Prefetti di Vico. Qualche anno dopo gli Anguillara riprendono possesso del paese ma ormai il territorio limitrofo è suddiviso fra la famiglia e i Prefetti di Vico.
Con il trasferimento del papato ad Avignone portano incertezza nelle sorti del governo del territorio e gli Anguillara spostano il centro del loro potere a Capranica e Orso di Anguillara ospiterà il poeta Francesco Petrarca. Orso era figlio di una Orsini e grazie al suo matrimonio con una Colonna entra definitivamente nella cerchia delle famiglie nobili romane che governavano romana in assenza del papa.
Ma un atteggiamento arrogante e un eccesso di disonestà fanno scomunicare la famiglia e Anguillara passa sotto il controllo diretto della Camera Apostolica.
Sarà papa Alessandro VI Borgia a concedere di nuovo in feudo l’area ma questa volta alla famiglia Orsini anche se le lotte per il controllo si susseguo in modo continuo.
Lo statuto di Anguillara risale al 1551 grazie al cardinale Sforza, e nel 1560 il borgo passa sotto il controllo del Ducato di Bracciano. Ma altre due famiglie si sono succedute ancora sul suo controllo, la famiglia del marchese Francesco Grillo e quella dei duchi Doria Eboli d’Agri.
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