La sua fondazione è attribuita agli abitanti della città etrusca di Veio, distrutta dai romani nel 396 AC. L’area è posta alla confluenza di due fiumi, Mignone e Crovino, e i romani vi costruirono una grande villa dotata anche di terme.
Il centro abitato medioevale nasce in collina attorno ad un castello durante il periodo delle incursioni barbariche e assume l’attuale aspetto intorno al XIII secolo.
Dopo essere stata dominata dai Prefetti di Vico e dagli Anguillara, nel 1465 è entrata nei possedimenti della Chiesa che la affida alle famiglie Della Rovere, Orsini e Santacroce. Questi la tennero per quasi due secoli dal 1493 al 1664 e con loro si ebbe il periodo di maggiore sviluppo agli inizi del Cinquecento. La famiglia favorì importanti interventi nell'edilizia e nell'agricoltura, e introdusse nella zona coltivazioni del Nuovo Mondo come patate e pomodori.
L’ultimo rappresentante dei Santacroce, Giorgio III, venne decapitato a Roma nel 1664 dopo esser stato accusato di matricidio.
Nel 1670 la Vejano passa nelle mani degli Altieri che vi rimangono per tre secoli fino all’estinzione del ramo principale della famiglia. Oggi il castello è di proprietà di Francesco di Napoli Rampolla.
Il paese ha subito un pesante bombardamento nella seconda guerra mondiale.
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