Il palazzo medievale dei Farnese risale al XIII secolo ed è stato realizzato dalla famiglia dei Tignosi, nobili ghibellini di Viterbo. Si trova proprio accanto al ponte che unisce il borgo di Viterbo (piazza della Morte) con il castello (oggi Palazzo dei Papi) e che è stato costruito su fondazioni etrusche.
Nel 1431 Viterbo era minacciata da Fortebraccio e Giacomi di Vico e diede incarico di difenderla a Ranuccio Farnese che allora era il tesoriere della Chiesa. Ranuccio dovette prendere la cittadinanza di Viterbo e acquistare una casa. Scelse questa abitazione e la storia racconta che proprio qui nacque il futuro papa Paolo III che vi abitò con sua sorella Giulia, la favorita di papa Borgia.
Poiché il palazzo è costruito su un terreno scosceso, le sue facciate sono molto diverse tra loro: quelle che danno verso valle hanno tre piani e sono caratterizzate da ordini regolari di aperture con bifore medievali ai piani nobili e aperture rettangolari nel sotto tetto.
La facciata lungo la strada che porta in piazza duomo, invece, ha due piani con una loggia a piano terra e un grande balcone con balaustre in legno al piano superiore. Il balcone poggia su un pilastro e non ha le caratteristiche decorazioni dei profferli di Viterbo.
Durante il pontificato di Paolo III, la famiglia Farnese per le sue cariche istituzionali si spostò a Palazzo Sisto e il palazzo Farnese iniziò una fase di declino.
Nel 1561 venne acquistato da Ludovico Chigi e poi è diventato sede della amministrazione ospedaliera.
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