Il paese medioevale si è formato lungo il fiume Garigliano intorno a una chiesa dedicata a Sant’Andrea, costruita dall’abbazia di Montecassino. La chiesa è stata distrutta dai saraceni nell’846 e ricostruita nel 941 dai principi di Capua più a monte e dotata di un castello per resistere alle continue incursioni di saraceni e normanni. I principi donarono la chiesa ai monaci di Montecassino.
La Chiesa di Sant’Andrea fu in seguito dedicata a San Benedetto. Se ne parla nei documenti dal Cinquecento in poi fino alla sua decadenza e totale rovina avvenuta nell’Ottocento allorché il titolo venne passato alla Chiesa di Santa Maria delle Grazie.
Presso quest’ultima chiesa funzionava un ospedale per i pellegrini e i viandanti.
Per la sua posizione appartata, non è stato colpito dai grandi avvenimenti storici. Solo durante la seconda guerra mondiale si è trovato sulla Linea Gustav, il fronte difensivo tedesco, e fu quasi completamente rasa al suolo.
Più recentemente Sant’Andrea del Garigliano ha subito gravi danni in seguito al terremoto del 1984 e all’inondazione del 1991.
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